При разведении хохлатых японских амадин нужно, чтобы одна из птиц была без хохолка, иначе получится потомство с плешинами на голове. Японская амадина легко спаривается с серебряноклювой, малабарской, зебровой амадинами, а также с другими видами вьюрковых ткачиков.
В результате скрещивания японских амадин с различными видами рода Lonchura улучшаются почти все признаки, при этом в оперении достигается большая контрастность темной и светлой окрасок, но к размножению способны только самцы, самки гибридов бесплодны.